一、中研院與慈濟合作研究計畫 (主責單位:慈濟大學校長室、負責主管:劉怡均校長)
二、跨院校合作研究計畫 (主責單位:慈濟大學醫學院、負責主管:陳宗鷹院長)
三、學生與教師合作研究計畫 (主責單位:慈濟大學醫學系、負責主管:張恩庭副主任)
四、醫學教育研究發展小組 (負責主管:陳宗鷹副院長)
(一)個人型及整合型研究計畫 (二)人才培育 (三)國際交流
(四)創新教學 (五)教材教案
五、學術發展室各項研究計畫 (主責單位:學術發展室、負責主管:張世寰主任)
(一)專任人員補助案 (二)特色醫療發展計畫 (三)院校高階主管研究計畫
(四)跨院區研究計畫 (五)淨斯本草飲臨床療效研究計畫
(六)跨院區臨床科臨床服務與教學整合計畫 (七)整合特色醫療研究發展中心
五、中醫藥暨中西醫合療研究發展小組 (負責主管:何宗融副院長)
(一)中醫藥醫事各類型部門年度計畫 (二)中醫師個人型年度計畫
(三)中西醫藥整合型年度計畫