一、中研院與慈濟合作研究計畫 (主責單位：慈濟大學校長室、負責主管：劉怡均校長)

二、跨院校合作研究計畫 (主責單位：慈濟大學醫學院、負責主管：陳宗鷹院長)

三、學生與教師合作研究計畫 (主責單位：慈濟大學醫學系、負責主管：張恩庭副主任)

四、醫學教育研究發展小組 (負責主管：陳宗鷹副院長)

　　（一）個人型及整合型研究計畫　　（二）人才培育　　（三）國際交流　　

　　（四）創新教學　　（五）教材教案

五、學術發展室各項研究計畫 (主責單位：學術發展室、負責主管：張世寰主任）

　　（一）專任人員補助案　　（二）特色醫療發展計畫　　（三）院校高階主管研究計畫

　　（四）跨院區研究計畫　　（五）淨斯本草飲臨床療效研究計畫　

　　（六）跨院區臨床科臨床服務與教學整合計畫　　（七）整合特色醫療研究發展中心

五、中醫藥暨中西醫合療研究發展小組 (負責主管：何宗融副院長)

　　（一）中醫藥醫事各類型部門年度計畫　　（二）中醫師個人型年度計畫

　　（三）中西醫藥整合型年度計畫